遺失基因開關成就人類
人類之所以擁有較大腦容量、直立姿勢以及親密的情愛關係，可能是失去一些關鍵的DNA片段所造就。
撰文／雷諾（Philip L. Reno）
翻譯／王心瑩
當我們造訪動物園，見到大猿這類現存的人類近親時，有兩件事總令我們深深著迷。首先，牠們看起來非常像人類，黑猩猩、巴諾布猿、紅毛猩猩和大猩猩都有表情豐富的臉龐和可抓握的雙手，與我們的相似程度高得令人發毛。
其次，這些生物明顯與我們不同。人類會直立行走，擁有容量相對較大的聰明大腦，還有其他各種性狀把我們清楚區隔開來。是哪些關鍵且明確的演化事件讓人類變得獨特？這些事件為何發生，又是如何發生？人類學家和演化生物學家埋首研究這類問題數十年，借助現代的遺傳技術逐漸解開謎團。我們發現，在人類身上，使人與靈長類有所區隔的重要性狀，也許不如一般所想是新增基因所致，而是源自基因的缺失，即有一些關鍵的DNA段落遺失了。
包括我的實驗室在內，有好幾個研究團隊把人類基因組與其他哺乳類的基因組進行比對，以追溯某些缺失的DNA如何隨時間變化，研究對象甚至涵蓋古人類，例如尼安德塔人和較不知名的近親丹尼索瓦人。我們發現，人類譜系與黑猩猩分離後的大約800萬年間，人類祖先的基因組中有部份DNA「開關」遭到剔除，這些開關會在發育期間活化重要的基因。尼安德塔人與我們一樣失去這些基因開關，清楚顯示這種消失現象發生在人類演化的早期。
事實上，這些DNA序列的缺失似乎與一些典型的人類性狀有關，例如容量較大的腦部、直立行走，以及我們獨特的交配習慣。（在我的實驗過程中，最末一項研究讓我對靈長類的陰莖構造意外增長了許多知識。）
魚類研究啟發靈感
我最早對人類演化產生熱切的興趣，是在美國俄亥俄州肯特州立大學跟隨知名人類學家洛夫喬伊（C. Owen Lovejoy）做博士研究期間，我在那裡研究已滅絕人類近親的雌雄骨骼差異。我想要持續鑽研相關問題，深入了解人類在這麼不尋常的演化途徑上，自身的基因和發育過程發生何種變化。我很幸運得到史丹佛大學的博士後研究職位，與金斯利（David Kingsley）共事，他投入的研究正是我著迷的問題。
那個時候，金斯利的實驗團隊已鑑定出刺魚類（stickleback）演化過程的DNA變化，例如淡水的刺魚類由於缺失某個DNA段落，而沒有生長出腹鰭上的刺。缺失的那段DNA含有一個「開關」，原本會在適宜的時間和位置，讓腹鰭刺發育的相關基因活化起來。
如果刺魚類曾經歷這種過程，人類何嘗不會？似乎可以這樣合理推測：在發育過程中，基因啟動的時間和位置的細微變化，有可能是人類基因組演化出獨特解剖構造的一種途徑。
受到魚類研究例子的啟發，我們著手尋找人類演化歷程中遺失的重要開關。如今已知完整的人類和大猿基因組序列，也發展出分析基因組的計算工具，我們的實驗才得以進行。我們這群來自金斯利實驗室的研究人員，與史丹佛大學的計算科學家貝傑拉諾（Gill Bejerano）和當時的研究生麥克林（Cory McLean）合作展開實驗計畫。
要找到遺失的開關並非易事，因為基因組極為龐大。人類基因組包含32億個鹼基（DNA序列的一個個字母），而與黑猩猩相異的鹼基約有一億個。我們的實驗該如何進行？要了解我們的研究方法，必須先有一些背景知識。
